Convaincu que son frère est innocent, Michael Scofield, tentera tout pour libérer frère aîné de prison, Lincoln Burrows qui attend son exécution dans la prison de Fox River. Pour cela, il va faire un hold-up dans une banque afin de se retrouver lui-même incarcéré aux côtés de son frère. Une fois en prison, on apprend que Michael est ingénieur, et qu'il a étudié les plans de la prison. Michael, va tout faire pour que l'évasion se déroule comme il l'avait prévu avant l'execution à mort de son frère pour un crime qu'il n'a pas commis. Cependant, des éléments perturbateurs vont le freiner dans ses plans...
